A színész szeptember harmadikán, egy titkos ceremónia keretében elvette kilenchónapos kislányának édesanyját, Jennifer Meyert - adta hírül a National Ledger. A pár Maui szigetén mondta ki a boldogító igent, A fontos eseményre csak a szűk családot és a legjobb barátokat hívták meg. Az esküvőre állítólag a vőlegény legjobb barátja, Leonardo DiCaprio is hivatalos volt, de a Body of Lies című film munkálatai miatt nem tudott elmenni.
Tobey Maguire és a Universal Studios egyik tulajdonosának, Ron Meyernek a lánya már négy éve van együtt. Tavaly júniusban jelentették be, hogy eljegyezték egymást. Pár hónappal később, novemberben megszületett első gyermekük, Ruby.