Az Így jártam anyátokkal című sorozatból és az Amerikai Pite zenetáborából ismert színésznő második gyereke is lány. Keeva Jane Denisof május 23-án született, mondta Hannigan szóvivője a Us Weekly-nek. „Mind nagyon jól vannak” – mondta még a sajtós a lapnak. A színésznő férje Alexis Denisof, szintén színész (A Buffy-ból lehet ismerős), 2003 októbere óta házasok, első gyerekük 2009 márciusában született.